Dans un avenir proche, les élèves de la classe B de 3ème du collège Shiroiwa ont été amenés sur une île déserte par une armée mystérieuse. Un adulte surgit tout à coup devant eux : leur ancien professeur Kitano. Il leur annonce qu'ils vont participer à un jeu de massacre dont la règle consiste à s'entretuer. Seul le dernier des survivants pourra regagner son foyer. Kitano leur présente deux nouveaux élèves très inquiétants. Des coups de feu retentissent pour convaincre les incrédules. Selon la loi de réforme de l'éducation pour le nouveau siècle, ce sacrifice permettra de former des adultes sains. Abandonnés chacun à son sort avec de la nourriture et une arme, les adolescents disposent d'un délai de trois jours pour s'entretuer.

Dans un pays où l'oppression règne, un beau samuraï assassin et une insurrectioniste tombent amoureux. Chacun a un lourd passé...

Afin de montrer à la population la valeur de la vie, chaque enfant reçoit dès son entrée à l'école primaire un vaccin. Parmi ces enfants, un sur mille reçoit un vaccin différent des autres car il contient une micro-capsule indétectable qui est capable de donner la mort à une date et heure précise. Entre leurs 18 et 24 ans, ce vaccin se met en route à la date programmée et ils reçoivent de la part d'un fonctionnaire l'ikigami, leur préavis de mort qui leur informe qu'il ne leur reste plus que 24 heures avant de mourir pour la nation.

Dans une lutte impitoyable pour le pouvoir, plusieurs clans yakuza se disputent la bienveillance du Parrain. Les caïds montent dans l'organisation à coups de complots et de fausses allégeances. Otomo, yakuza de longue date, a vu évoluer ses pairs : des tatouages élaborés et des phalanges sectionnées, ils sont passés à la haute finance. Leur combat pour arriver au sommet, ou du moins pour survivre, est sans fin dans un monde corrompu où règnent trahison et vengeance. Un monde où les héros n'existent pas...

Margarita a du mal à se souvenir de la nuit où elle est tombée enceinte. Un matin, encore adolescente, elle se réveille nue et toute seule. Elle se rappelle vaguement avoir couché avec Ignacio Reyes, un étudiant en médecine rencontré en soirée. Elle pense alors avoir été droguée et abusée par le jeune homme, sans vraiment en être sûre. Lucho, qui lui avait présenté Ignacio, lui dit que le jeune homme est reparti pour ses études et qu'il ne veut pas entendre parler d'elle, mais qu'il serait prêt à payer un avortement. Ce que Margarita a refusé.Des années plus tard, Ignacio devenu médecin revient à Ciudad Esperanza, fiancé à Chantal, la belle-sœur de son frère. Il fait la connaissance d'un petit Ignacio surnommé Frijolito, du nom du restaurant "El Frijol" où il est né. L'enfant espiègle s'attache à lui et devient un très bon ami de sa nièce Dulce, du même âge. Ignacio souhaite rencontrer la mère du garçon. Il ne paraît pas du tout se souvenir de Margarita qui fait passer une de ses amies, Olga, la femme de Lucho, pour la mère de leur fils. Ignacio essaye de tromper Chantal avec Margarita, qui est pourtant très réticente.Margarita a des difficultés financières. Elle travaille la journée comme coiffeuse avec Olga et le soir comme Mariachi au Frijol, qui ne marche plus très bien. Adela, la locataire de sa mère, lui propose de répondre à l'offre d'emploi de ses patrons qui recherchent une nounou. En découvrant qu'il s'agit de la famille Reyes, Margarita refuse dans un premier temps, puis est embauchée pour s'occuper de Dulce et Daniela. mais soudain une fille âgée de 15 ans qui est en quelque sorte la demi-sœur de Margarita qui s'appelle Ulce va redonner une vraie vie à Frijolito parce que Margarita voulait cacher son fils pour qu'Ignacio ne le prenne pas.

L'histoire de Outbreak Company s'inspire du light novel du même nom écrit par Ichiro SAKAKI.Difficile de ne pas être un otaku, si , comme Kanou Shinichi, on a un père qui écrit des Light Novels et une mère qui illustre des Visuals Novels. Par contre cela ne lui confère pas de super pouvoirs : il a uniquement une connaissance énorme et impeccable du Moe. Un jour il se retrouve transporté dans un monde où vivent des elfes et volent des dragons. Contrairement à ce qu'on pourrait attendre, il ne se trouve pas investi d'une quête, comme tuer un monstre ou autre. Pas du tout. On lui demande de devenir un ambassadeur de la culture de ce monde, un "missionnaire moé" !Lui vient alors l'idée de construire une école. Au début, tout se passe de façon plutôt agréable et amusante. Mais il devra faire face à de plus en plus de problèmes sérieux : la discrimination, les conflits entre les pays frontaliers, des problèmes de classe sociale, du sabotage par des éléments opposés à son action, le gouvernement japonais inclus ! Pourra-t-il faire face à tous ces obstacles et inculquer la culture moé dans ce monde ? Voire aider sa population ?

Dans la matinée du 1er août, l’héroïne se réveille et découvre qu’elle n’a absolument plus aucun souvenir de son passé. Un garçon se présente alors devant elle, et se présente comme étant un « esprit » du nom d’Orion. L’héroïne, sous la direction d’Orion, retrouvera avec du mal ses souvenirs. Elle recevra par la suite un appel téléphonique sans pouvoir reconnaitre le nom sur l’écran, en le rencontrant il semble s’agir de son petit ami, bien que son visage ne lui dise strictement rien…