Dans un futur proche, les mutants et les humains ont été décimés par les Sentinelles, des robots biologiques capables de copier les pouvoirs des mutants. Seuls quelques mutants, dont Kitty Pride, Iceman, Storm et Bishop, résistent encore. Le Professeur X et Magneto décident d’envoyer Logan dans le passé afin d’empêcher le meurtre de Bolivar Trask, un scientifique américain responsable du programme d’armement dont la mort déclenchera le programme des Sentinelles. Wolverine arrive donc en 1973 afin de convaincre Charles Xavier et Erik Lehnsherr de stopper Mystique dans sa mission, une tâche qu’ils devront accomplir avec l’aide de Beast et de Quicksilver.

Julian Kaye a toujours été un objet de désir, à tel point que les gens sont prêts à le détruire pour l'avoir. Disculpé, après 15 ans de prison pour un meurtre qu'il n'a pas commis, il doit maintenant relever le défi de recoller les morceaux alors que le détective qui l'a mis derrière les barreaux tente de percer le mystère qui a conduit à son incarcération injustifiée.