A la veille de Noel 2005, un informaticien s'apprete a terminer sa derniere creation, Nirvana, un jeu video. C'est alors qu'il s'apercoit qu'un virus informatique s'est propage dans son programme pour detruire Nirvana.

Les douze dernières heures de la vie du Christ. Rendu au Mont des Oliviers, Jésus prie après avoir partagé un dernier repas avec ses apôtres. Il résiste maintenant aux tentations de Satan. Trahi par Judas, Jésus est arrêté et emmené à Jérusalem, où les chefs des Pharisiens l’accusent de blasphème et lui font un procès qui a pour issue sa condamnation à mort…

Accidentellement cryogénisé le 31 décembre 1999 alors qu'il livrait une pizza, Fry se réveille 1000 ans plus tard à New York. À l'aube de l'an 3000, le monde a bien changé, peuplé de robots et d'extraterrestres. Le jeune homme retrouve l'un de ses descendants qui l'engage lui et ses nouveaux amis, Leela et Bender, au Planet Express, une entreprise de livraison. Ensemble, ils vont devoir faire face à de périlleuses et délirantes missions dans un monde des plus surprenants.

L'histoire se centre sur Yōta Narukami, un lycéen qui passe ses journées à se préparer aux examens universitaires. Un jour, une jeune fille nommée Hina qui prétend être « Dieu » lui annonce que la fin du monde arrive dans 30 jours. Même s'il est dans un premier temps confus par les dires de cette personne, il est rapidement convaincu lorsqu'il est témoin des pouvoirs de prédictions de ce Dieu.C'est ainsi qu'Hina décide d'habiter chez Yōta pour passer ces 30 derniers jours avec lui.