Le Président russe vient de décéder. Un groupe de néo-nazis parvient à s'emparer d'une bombe nucléaire datant de la Guerre du Kippour. Leur prochaine cible : la ville américaine de Baltimore, où doit se dérouler la finale du Superbowl. Les terroristes espèrent ainsi que la panique générale relancera la défunte Guerre Froide. Parallèlement, des généraux extrémistes lancent une attaque chimique sur Grozny, anéantissant ainsi la capitale tchétchène au nom du gouvernement russe. Le directeur de la CIA, Bill Cabot, engage alors les services d'un brillant et intègre agent spécialiste de la Russie, Jack Ryan, afin de faire la lumière sur les derniers événements. Selon celui-ci, les principaux responsables ne sont pas les autorités russes. Jack doit faire vite pour trouver des preuves tangibles qui corroboreront sa thèse.

Carl Black est devenu auteur et s'installe avec sa famille dans sa ville natale. Alors qu'il travaille à son nouveau livre, il est interrompu par l'arrivée d'un nouveau voisin, un extravagant "mac".

Raymond « Red » Reddington, l’un des fugitifs les plus recherchés par le FBI, se rend en personne au quartier général du FBI à Washington. Il affirme avoir les mêmes intérêts que le FBI : faire tomber des criminels dangereux et des terroristes. Reddington coopérera, mais insiste pour ne parler qu’à Elizabeth Keen, une profileuse inexpérimentée du FBI. Keen s’interroge sur l’intérêt soudain que Reddington lui porte, bien qu’il soutienne que Keen est très spéciale. Après que le FBI a fait tomber un terroriste sur lequel il a fourni des informations, Reddington révèle que ce terroriste n’est que le premier de beaucoup d’autres à venir : durant les deux dernières décennies, il a fait une liste des criminels et terroristes qu'il croit introuvable par le FBI parce que ce dernier ignorait leur existence et que ce sont les plus importants. Reddington l’appelle « La Liste noire » (« The Blacklist »).

À la tête de cette équipe du NCIS, qui opère en dehors de la chaîne de commandement militaire, l'agent Special Leroy Jethro Gibbs, un enquêteur qualifié dont les qualités sont d'être intelligent, solide et prêt à contourner les règles pour faire le travail. Travaillant sous les ordres de Gibbs, on retrouve l'agent Anthony DiNozzo, l'agent Abby Sciuto et le Dr Donald "Ducky" Mallard. De meurtre en espionnage anti-terrorisme et sous-marins volés, ces agents spéciaux parcourent la planète pour enquêter sur tous les crimes ayant un lien avec Marine ou le Corps de la Marine.